相関分析

 ケースコントロール相関分析の問題点と改善策

 ケースコントロール相関分析の最大の問題点が集団の構造化による偽陽性であることは前述した。それを解消する一つの方法が家系内相関分析である。これは、多数の家系の中で患者や家族の、病気に関係する染色体と関係しない染色体について、アレルの頻度を比較する。以前は、病気の家族のみからコントロールを採取するのは最もバイアスのかかる、良くない方法と考えられたが、患者のサンプルと近似の集団から取られたコントロールであり、むしろ望ましいと考えられるようになった。

 さらに、サンプルの採取はcase-control studyと同じでも、個体のランダムな遺伝子座のデータを用いて集団の構造化問題を評価する方法も提案されている 。これは、ケースとコントロールの二つの集団の個体の一人一人から多数(例えば100以上)のSNP遺伝子座のデータを採取し、それらを用いて集団構造を分析する方法である。

   構造化を含んだ集団の、多数のSNPデータによる構造かの程度とクラスタリングによる有意差検定については、下記に依頼できる。

kamatani@ior.twmu.ac.jp