TDT (Transmission disequilibrium test)

 TDTの概要

 TDTは極めて単純な理論であるが非常に有効な方法であることが次第に明らかになった。TDTのためには多数の小家系が必要であるが、一つの家系に患者は最小限、一人必要な事がノンパラメトリック解析と異なる。患者の遺伝子は両親から一つずつ受け継いだものであるが。従って、親の二つの対立遺伝子のうち、どちらが子に伝えられるかは等確率である。即ち、親の一方の対立遺伝子が子に伝えられる確率は0.5である。

 TDTは患者の親からどちらの対立遺伝子が患者に伝えられているかを解析する方法である。もし、疾患とマーカー遺伝子座が関係が無ければ親のどちらの対立遺伝子も等確率で患者に伝えられるはずである。そのような予測からのずれがあるかどうかを統計的に検討する。両親の4つのアレルがすべて区別できれば計算は簡単であるが、そうでない場合は確率的検討が必要である。

 両親から患者に行った方の遺伝子が病気と関係している、というのは単純な理論のように思えるが、異なる多数の家系についてそうであるということを考慮して欲しい。これは当然、家系を集めた集団において疾患遺伝子座とマーカー遺伝子座の間に連鎖不平衡があるからそのような陽性の結果になるのである。しかも、重要なことはcase-control studyのような集団の構造化の問題がある程度解消されるという点である。即ち、コントロールのアレル集団は両親のもつ、疾患と無関係のアレルの集団であり、集団から独立に採取されたものではない。

 TDTはこのように狭い意味の連鎖解析に含まれる物ではない。むしろコントロールを注意深く取ったcase-control studyに近いと言えよう。従って、陽性となる領域も狭い。TDTには患者と両親のサンプルが必要であるが、成人発症の疾患などでは両親のサンプルは得難い。このような場合、同胞のサンプルで両親の遺伝子型を確率的に予測して解析を行うのがS-TDT (sib-TDT)である。

 TDTの計算

TDTの計算はGenehunterなどのプログラムで行うことができる。